27 июня 2025 года Надымская казачья икона Святого Страстотерпца Царя Николая II, путешествующая Крестным ходом по России, прибыла в Собор Сошествия святого Духа в Свято-Духовом Вологодском монастыре   В настоящее время с этой иконой и в сопровождении других надымских икон (Верховного атамана казачьих войск Царевича Алексия, святых преподобных Сергия Радонежского и Серафима Саровского) и Штандартом Конвоя, под руководством атамана Надымского казачьего округа Обско-Полярной казачьей линии Сибирского казачьего войска Союза казаков России, наказного атамана Кубанского отдела Конвоя Памяти Государя Императора Николая II хорунжего Николая Сергеевича Кришталя и в сопровождении духовника Дивеевского отдела Конвоя монаха Игнатия (Пашнина) совершается объезд по территории нашей страны, Донбасса и Беларуси с молитвой о воскресении Святой Триединой Руси.

Монастырь был основан в начале XVII века святым Галактионом Вологодским. Первоначально именовался Галактионовой пустынью. До 1654 года все строения монастыря были деревянными. В 1654 году на средства, пожертвованные царём Алексеем Михайловичем, был выстроен каменный собор во имя Сошествия Святого Духа, и монастырь получил наименование Свято-Духов[1].

В 1775 году указом Святейшего Синода обитель переименована в Спасо-Каменный монастырь — по наименованию сгоревшего и упразднённого Спасо-Каменного монастыря, братия которого была переведена в вологодский Свято-Духов монастырь.

Около 1800 года монастырь был обнесён каменной оградой. В 1810—1811 годах к собору Святого Духа была пристроена трёхъярусная колокольня. Каменная церковь Знамения Пресвятой Богородицы построена в 1867 году.

В 1918 году Свято-Духов монастырь был закрыт и передан военному ведомству. С 1 мая по 15 августа 1918 в монастыре располагался гараж 23-го авто-броне отряда. К лету 1925 года на месте снесённого при закладке стадиона кладбища, которые комиссары от спорта снесли в спешке из-за участия в футбольном первенстве РСФСР 1924 года и затянувшейся земельной тяжбы с Губмузеем о территории спортплощадки «настоятельно рекомендовали» использовать под спортплощадку — был построен стадион «Динамо». Спорить с уполномоченными власти и партии было бессмысленно. Почти одновременно с вердиктом комиссии постановлением Вологодского губисполкома были закрыты церковь Сошествия Святого Духа и часовня в Свято-Духовом монастыре.

Затем в церкви Сошествия Святого Духа и здании келий монастыря долгое время размещалось областное управление НКВД и КГБ СССР. Уцелевший корпус келий и перестроенный собор принадлежит МВД.

После Перестройки рядом с территорией бывшего монастыря был установлен мемориал в память жертв политических репрессий.

В настоящее время Собор Сошествия Святого Духа Свято-Духова монастыря действующий, службы проходят регулярно.